El 20 de julio de 1867 se elaboraba el acta de fundación del Pueblo Rivera

El proceso fundacional de Rivera se caracterizó por ser lento y dificultoso debido a su ubicación en una zona agreste y alejada, y además caracterizada por la presencia de indígenas, y el paso de contrabandistas.
La zona elegida para el establecimiento de los primeros pobladores rurales fue la zona de Puntas del Cuñapirú, en las cercanías de la localidad de Santana do Livramento, que había sido fundada el 30 de julio de 1823 como “Nossa Senhora de Livramento”.
Desde principios de la segunda mitad del Siglo XIX, existía ya la preocupación y el interés tanto de los lugareños como de los legisladores, de crear en la región un pueblo del lado uruguayo que permitiera consolidar la frontera con Brasil.
El 19 de abril de 1859 se presentó un proyecto de ley para la creación del “Pueblo de Pereira”, que se ubicaría entre los arroyos Hospital y San Luis. El proyecto fue finalmente aprobado en marzo de 1860 y promulgado días después. Sin embargo un importante hacendado brasileño don Francisco Antunes Maciel ofreció cinco mil patacones (seis mil pesos) para que el pueblo se fundara entre el Cerro de Vichadero y el arroyo Blanco.
Es así que el 19 de abril del mismo año se presentó otro proyecto de ley que contemplaba la creación del pueblo “Arenal Grande”, entre los arroyos Cuñapirú y Tacuarembó, en una zona cercana del actual emplazamiento de la ciudad. Este proyecto sufrió algunas modificaciones en el Senado, como las del aumento del área y del ejido de la ciudad, así como el de sustituir el anterior nombre por el de “Pedro de Ceballos “, en honor al antiguo virrey del Río de la Plata.
Finalmente el 7 de mayo de 1862, el entonces presidente Bernardo Prudencio Berro aprobó la ley de creación de la “Villa de Ceballos”. Su primer artículo expresaba: “El Poder Ejecutivo ordenará la delineación de un pueblo en la cuchilla de Santa Ana, sobre nuestra línea de frontera, frente al pueblo brasileño de Santa Ana de Livramento”.
En 1867, si bien aún no se había inaugurado oficialmente la villa, ésta contaba con población ya afincada y con su primera escuela pública. Para ese año la población era de unos 341 habitantes entre la zona de la villa y sus chacras.
El 26 de junio de ese mismo año, se dictó un decreto que autorizaba al Jefe Político de Tacuarembó (en ese momento el departamento de Rivera aún no se había creado) para la creación de un pueblo, cuya denominación sería Rivera, en honor al Coronel Bernabé Rivera; dicho pueblo se situaría a una distancia de veinte o treinta cuadras de Santa Ana de Livramento, en el paraje donde existían ya algunas casas, o en su defecto, en el que se juzgase más adecuado en cuanto a la proximidad de los recursos como agua y la leña.
El 17 de julio de 1867 el Jefe Político de Tacuarembó, Carlos Reyles llegó a la frontera y dio cumplimiento al decreto, elaborándose el 20 de julio de 1867 el acta de fundación del Pueblo Rivera, en Cuñapirú, cuarta sección del departamento de Tacuarembó. Inmediatamente el agrimensor José Pompilio Luppi se hizo cargo de la delineación de la villa marcando las manzanas y calles.
El 1 de octubre de 1884 fue creado el departamento de Rivera, que se segregó del de Tacuarembó, con los límites que actualmente posee. En tanto la ciudad de Rivera se convirtió en la capital del nuevo departamento.
Los veinte años posteriores fueron difíciles para la villa, debido al auge del contrabando de ganado hacia Brasil, conflictos permanentes con autoridades civiles y militares brasileñas, epidemias de viruela, tifus y disentería así como la guerra civil que finalizó en Masoller en 1904 con la muerte de General Aparicio Saravia. Años más tarde, el 10 de junio de 1912 la villa fue elevada a la categoría de ciudad por Ley 4.006.