En este marco, el Ministerio de Vivienda Ordenamiento Territorial y Medioambiente definió la aplicación del sistema a través de siete áreas que integraran la primera fase que incluye a la Quebrada de los Cuervos (Treinta y Tres), Esteros de Farrapos, Islas del Río Uruguay (Río Negro), Lunarejo (Rivera) Laguna de Rocha, Cerro Verde e Islas de la Coronilla, Cabo Polonio (Rocha) y Chamangá (Flores).
En una segunda etapa serán incorporadas al sistema de áreas protegidas, Islas de Río Negro (Soriano), Humedales de Santa Lucía (Canelones, Montevideo y San José), Laguna Castillo, San Miguel, Laguna Negra en Rocha.
Este conjunto de zonas específicamente elegidas por su valor patrimonial, conlleva la creación de la figura del guarda parques, para quienes se crearán cursos de capacitación a través de la Universidad del Trabajo, con quien coordina el Ministerio de Vivienda, Ordenamiento Territorial y Medio Ambiente, a su vez, existen ya convenios con la Universidad de la República par apoyar y desarrollar investigación científica aplicada para la planificación de la estrategia que llevará adelante el sistema de áreas protegidas.
Con este compromiso el Gobierno apuesta a una estrategia territorial con la incorporación de la escala regional y apoyando la planificación departamental y local, para el desarrollo sustentable con equidad social. Es por tanto, la creación de un nuevo modelo de ecoturismo, también el espacio generador de un desarrollo económico que comprende distintos servicios que son los creadores de nuevos puestos de trabajo, permiten nuevos ingresos económicos para las poblaciones locales y para el conjunto del país.